Благополучие Нового царства было подорвано противоречиями между властью фараона и набравшими силу верховными жрецами бога Амона. Мучимый раздорами, Египет потерял со временем большинство завоеванных земель и сам подвергся ряду завоеваний. Сначала, в 663 г. до н. э., Фивы разрушили войска ассирийского царя Ашшурбанипала. Затем, в 525 г. до н. э., на 120 лет Египет покорил персидский царь Камбис II, и наконец после освобождения от персидского владычества в 341 г. до н. э. к власти пришел царь Дарий III.
Лишь в Дельте под руководством фараона Хабабаша продолжалось кровопролитное сопротивление захватчикам. Поэтому появившегося в Египте в 332 г. до н. э. после победы над Дарием великого завоевателя древнего мира грека Александра Македонского египтяне восприняли как своего освободителя. И в тот же год древнейшее государство вошло в состав мировой империи Александра, принесшей с собой новую для Египта культуру Древней Греции.